La stéganographie cache l'existence d'un message, là où le cryptage ne cache que son contenu. Les données sont dissimulées dans un fichier support – le plus souvent en modifiant subtilement les pixels d'une image ou les échantillons d'un fichier audio – de sorte que le résultat semble tout à fait ordinaire à quiconque ne le recherche pas. Deux personnes peuvent échanger une photo d’apparence normale contenant secrètement une charge utile cachée.
Pour les enquêteurs, la stéganographie constitue à la fois une menace et un indice. Il est utilisé pour faire passer des données au-delà des filtres et pour dissimuler les communications. Ainsi, des tailles de fichiers, des modèles ou des artefacts inhabituels peuvent laisser entendre qu'un fichier contient plus qu'il n'y paraît. Le détecter ou l'exclure fait partie d'une analyse approfondie du fichier, parallèlement à la lecture du métadonnées d'un fichier.