Le Web profond regroupe tout ce qui est en ligne que les moteurs de recherche standard n'indexent pas : le contenu derrière les connexions, les paywalls, les formulaires de recherche et les bases de données. Il est bien plus vaste que le Web de surface et est pour la plupart banal : portails bancaires, comptes privés, bases de données universitaires et résultats de requêtes dynamiques.
Le Deep Web est souvent confondu avec le Dark Web, mais ils sont différents : le Deep Web est simplement non indexé, ni caché ni illicite.