La esteganografía oculta la existencia de un mensaje, mientras que el cifrado sólo oculta su contenido. Los datos se ocultan dentro de un archivo portador (normalmente alterando sutilmente los píxeles de una imagen o las muestras de un archivo de audio), por lo que el resultado parece completamente normal para cualquiera que no lo esté buscando. Dos personas pueden intercambiar una foto de apariencia normal que secretamente lleva una carga útil oculta.
Para los investigadores, la esteganografía es a la vez una amenaza y una pista. Se utiliza para pasar datos de contrabando a través de filtros y ocultar comunicaciones, por lo que tamaños, patrones o artefactos de archivos inusuales pueden indicar que un archivo contiene más de lo que parece. Detectarlo o descartarlo es parte de un análisis exhaustivo del archivo, además de leer el metadatos de un archivo.